Alle UNESCO-biosfæreområder er inddelt i tre zoner:
1) Kerneområder - beskyttede områder, der bidrager til bevarelse af landskaber, arter, økosystemer, genetisk variation.
2) Bufferområder - støder op til eller omgiver kerneområder og bruges til aktiviteter, der kan støtte op om bevarelse af kerneområderne.
3) Udviklingsområder - omstillingsområder, hvor samfundet fremmer sociokulturel og bæredygtig økonomisk og social udvikling i samspil med naturen.
I Møn UNESCO Biosfæreområde er kerneområderne sammenfaldende med beskyttede områder, primært Natura 2000 områder. Se kort for zonering af Møn UNESCO Biosfære.